Kiedy Jan Dobrzyński rok temu objął stanowisko wojewody podlaskiego, wzbudziło to
wiele kontrowersji. Przed komisją MSWiA stanął do weryfikacji jako jeden z trzech kandydatów . Jak podawały wtedy media, żaden z nich nie uzyskał akceptacji komisji. Jednak ówczesny premier Kazimierz Marcinkiewicz powołał Dobrzyńskiego. Media spekulowały wtedy, że polecił go bliski współpracownik Kaczyńskich, ówczesny minister rolnictwa Krzysztof Jurgiel.
W pierwszych dniach swojego urzędowania, Dobrzyński przyjął delegację Podlaskiego Klubu Biznesu. Co stało się podczas wizyty? Nie wiadomo. Biznesmeni twierdzili, że po prostu zwrócili się do niego z prośbą, aby popierał przedsiębiorczość na Podlasiu. Wojewoda groził zaś, że o przebiegu spotkania poinformuje ABW. Nie bardzo też nowy wojewoda mógł się porozumieć z urzędem marszałkowskim. W czasie, gdy urząd przeprowadzał kolejne etapy inwestycji - budowy lotniska na Krywlanach k. Białegostoku, Jan Dobrzyński wyrażał pogląd, iż na Krywlanach powinien stanąć kośćiół (stoi tam obecnie ołtarz po wizycie Jana Pawła II - red.).
Natomiast właściciele SSA Jagiellonia starali się, o przekształcenie terenu, którego klub jest wieczystym użytkownikiem ze sportowego w handlowy. Nowy plan zagospodarowania przestrzennego powstawał długo i w bólach. Jego przyjęcie przez radą miejską, oznaczało usunięcie bazaru. Sprawa była kontrowersyjna, bo każdy wariant decyzji uderzał w jakąś grupę. Brak nowego planu - w Jagiellonię. Nowy plan oznaczał zaś, że kupcy z bazaru musieliby się przenieść w inne miejsce. Jednak twierdzili, nie zarobiliby tyle, co na obecnym. Wojewoda Jan Dobrzyński,
długo przed powstaniem planu zagospodarowania przestrzennego
zapowiadał
że zostanie on zawetowany. Jak mówił, tak zrobił. Odrzucił uchwałę Rady Miejskiej Białegostoku, stwierdzając jej niezgodność z prawem.
Jan Dobrzyński popadł także w konflikt z przedstawicielami wyznania prawosławnego, ponieważ uczestniczył w spotkaniu opłatkowym jedynie z przedstawicielami religii katolickiej, choć zapraszany był także przez prawosławnych.